地选好后可进行整地。一般在秋季进行，先将林内毛竹、茅草等全部砍掉、割除，清除林地，树木一律留下不砍。根据树冠的荫蔽情况，一般荫蔽度要保证在70%以上，将荫蔽度大过密的小树砍掉，砍树时还要照顾到树对开厢（即作畦）有无影响，以荫蔽均匀，遮荫良好为原则。然后挖土深12到15厘米，把挖出来的树根、竹根、草根及石头等杂物，统统搬出林外，摊开晒干，再熏烧成熏土（火灰）备用。地挖好后先整平，然后开厢（作畦），根据山势地形，按畦宽1.5米，沟宽20厘米，深10厘米，从上而下开直沟，把沟底的土提向两边畦面。畦的长度根据地形而定，一般每隔8至10米开一条宽30厘米的横沟，横沟最好要斜开，以便排水通畅。畦做好后可在林地四周开排水沟，以防暴雨造成的山洪流入林内，冲坏畦内黄连苗。排水沟要宽点，一般宽50至60厘米，深30厘米，如果种植面积较大的，可在林内再开1至2条排水主沟，开沟时尽量避开树木，以使排水畅通。畦的雏形做好后，便可施入基肥，每公顷施用腐熟厩肥、堆肥或土杂肥等有机肥45000至75000千克，施于畦面，然后再浅挖，使肥料与表土混匀，上面再盖3到5厘米的熏土并把畦面整成瓦背形。

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